小狗眼睛里面长红色肉可能是第三眼睑增生，这种情况在临床上比较常见。
如果小狗的眼睛里只是出现了一个小红肉，没有其他异常症状，主人医院通过手术将这个红肉通过手术的方式切除，这是一个比较小的手术，不会对狗狗造成太大的伤害，一般术后小狗就可以恢复正常生活。如果不及时切除，可能会导致狗狗视力出现问题，也可能会被感染。
如果小狗眼睛里有多个小红肉，可能是由于某些疾病引起的，比如角膜炎、结膜炎等。医院检查病因，并接受专业的治疗。在日常生活中，需要注意狗狗眼部的卫生和护理，定期清洁狗狗的眼部，以避免眼部感染和其他疾病的发生。
总之，如果小狗眼睛里长红色肉，需要医院进行检查和治疗，以免影响狗狗的健康和生活质量。